Het probleem van houtrot is dat het zich aan de binnenkant van het hout afspeelt en vaak te laat wordt ontdekt. Houtrot kan je vaak pas in een later stadium zien. Dit kan doordat de verflaag van het hout is losgebarsten of doordat het hout in elkaar is gekrompen en soms is het van buitenaf helemaal niet te zien doordat er bij de vorige schilderbeurt al wat plamuurlagen zijn aangebracht waardoor het houtrot achter de plamuurlaag ontstaat.
De grote boosdoener van houtrot is natuurlijk vocht. Wanneer er bijvoorbeeld kleine scheuren in de verflaag zijn ontstaan kan vocht in het hout dringen en kunnen er achter de verflaag schimmels gaan vormen. Deze schimmels waar houtrot onder valt voedt zich doormiddel van vocht, zuurstof en de juiste temperatuur.